本作は、第2弾だった「宇宙戦艦ヤマト 暗黒星団帝国の逆襲」のストーリーを引き継ぎ、劇場作品第3作「ヤマトよ永遠に」（(C)東北新社）の後半をベースにオリジナル展開を加えた決着編です。前作同様に、艦隊戦と白兵戦の両方でヤマトの世界が堪能できます。さらに、第2弾「暗黒星団帝国の逆襲」のゲームクリアデータも収録！ゲームをクリアしないと解けなかった第2弾のステージや貴重な映像など、スペシャル要素が全て鑑賞可能に！