西暦20XX年。Dr.ワイリーの野望はロックマンの活躍によって阻止され、世界は再び平和を取り戻した。 1年後...第1回最強ロボット選手権が開催されることになった。ロボット選手権が始まろうとしたまさにその時！！ 謎の怪電波が送信されてきた。 「ロックマン、ロボット達はいただいたぞ！」 「あなたはMr.エックス!!なぜあなたが!?」 「エックス財団総帥とは仮の姿。実はDr.ワイリーの影のスポンサーはこの私、Mr.エックスなのだよ！もはやDr.ワイリーを操るまでもない。私自身がこの8体の世界最強のロボット達を使って世界を支配してやる!!」 はたしてロックマンは新たな敵、Mr.エックスの野望をくい止めることができるのだろうか!?