くのいち捕物帖は、主人公の女忍者「沙悟浄　蘭」を立派な公儀隠密に育てる、育成アドベンチャーゲーム。プレイヤーの選択肢の選び方、修行の選び方、ミニゲームの成績まで、ゲームの要素全てが蘭の性格やストーリーに影響を与えます。進んだストーリーによっては、故郷に帰ってしまったり、さすらいの賭博師になってしまったりと、エンディングも様々に変化します。