闇の世界に残った王様と親友リクを探し、旅を続ける主人公のソラとドナルド、グーフィー。様々な世界での新たな出会いや再会をはたすが、次々と現れる敵は容赦なくソラ達を襲い、またしても険しい旅路となった。ハートレス、ノーバディ、そしてXIII機関。それぞれの思惑が行き交うこの物語の結末とは、そしてソラたちは旅の終わりに何を見るのか──。