物語は本編の京都編をベースに「剣心編」「左之助編」「斎藤編」で構成され、バトルパートとアドベンチャーパートが絡み合う3D剣戟アクション！本作初のオリジナルストーリーも収録！ゲーム内の様々なリスクと引き換えに一時の強さを得るシステム「葛藤システム」を搭載。サブイベントやエンディングに影響をおよぼし、どんな結末にたどりつくかはプレイヤー次第！