西暦2021年。ナノマシン研究施設の暴走の結果生み出された機械生命体『オーガメック』により人類は存続の危機に直面する。政府に残された最後の手段は、処刑されたはずの軍事サイボーグ『ジェイク・ウォーレン』を呼び戻すことであった。オーガメックを破壊できる唯一の武器『プラズマブレード』を手にナノテクノロジーアイランドに降り立つジェイク。『ジェノサイド・ヒーロー』と恐怖されたこの男に、人類の未来が託された…。